Hệ thống tiểu học, trung và đại học được áp dụng ở Nhật như một trong các cải cách thời Minh Trị[79]. Từ năm 1947, Nhật Bản áp dụng hệ thống giáo dục bắt buộc gồm tiểu học và trung học trong chín năm cho học sinh từ sáu đến mười lăm tuổi. Hầu hết sau đó đều tiếp tục chương trình trung học và theo MEXT, khoảng 75,9% học sinh tốt nghiệp phổ thông tiếp tục học lên bậc đại học, cao đẳng hay các chương trình trao đổi giáo dục khác[80].

Giáo dục ở Nhật có tính cạnh tranh rất cao[81]. Học sinh phải cố gắng thi đỗ vào các trường danh tiếng để đảm bảo có được việc làm tốt sau khi ra trường. Đặc biệt ở các kì thi tuyển sinh đại học có sự cạnh tranh rất quyết liệt giữa các thí sinh, điển hình là các kì thi tuyển của hai trường đại học cao cấp Tokyo và Kyoto[82]. Chương trình đánh giá sinh viên quốc tế hợp tác OECD hiện xếp Nhật Bản ở vị trí thứ sáu thế giới về kĩ năng và kiến thức của học sinh mười sáu tuổi.[83]

Bên cạnh đó việc chăm sóc cho học sinh tàn tật cũng được Chính phủ quan tâm, Nhật Bản có riêng Cục phụ trách các vấn đề Tiểu học và Trung học chịu trách nhiệm chính về công tác chăm sóc giúp đỡ các học sinh tàn tật, ngoài ra Cục này còn phụ trách cả vấn đề giáo dục cho trẻ em Nhật Bản sống ở nước ngoài cũng như góp phần giám sát một hệ thống kiểm định và phân phối miễn phí sách giáo khoa cho các đối tượng trên. Gần đây cơ quan này còn kiêm nhiệm thêm một số chương trình thuộc mạng lưới giáo dục địa phương như các chính sách về việc quyết định đội ngũ công tác giáo dục, các tiêu chuẩn về diện tích trường lớp, số lượng giáo viên cho mỗi trường, và các vấn đề tài chánh liên quan.[85]

Vào năm 1991 có hơn 2,1 triệu học sinh được nhận vào 507 trường đại học. Tại đây các sinh viên sẽ được đào tạo bốn năm cho cấp bậc cử nhân và sáu năm cho bậc chuyên gia (Tiến sĩ). Có hai loại đại học công lập chính là đại học quốc gia (96 trường) và đại học vùng (39 trường) – do tỉnh hay thành phố lập ra. Cũng theo ghi nhận vào 1991, đã có khoảng 372 trường cao đẳng công được thành lập và đưa vào hoạt động.

Chi phí trung bình gồm học phí, phụ phí và sinh hoạt phí ở Nhật vào 1986 khoảng 1,4 triệu yên/năm (11.000 đô-la). Để hỗ trợ cho chi phí này, sinh viên được phép làm việc bán thời gian và vay từ Tổ chức học bổng của chính phủ, ngoài ra còn có nhiều tổ chức khác từ chính quyền địa phương, cơ quan phi lợi nhuận cũng góp phần không nhỏ về mặt tài chính hỗ trợ cho sinh viên.

Theo Phụ san Giáo dục đại học của tạp chí Times, hai trường đại học được cho là danh giá nhất ở Nhật hiện nay là Đại học Tokyo và Đại học Kyoto.

Ngân sách dành riêng cho công tác giáo dục năm 2005 là 5.733,3 tỉ yên (59 tỷ đô-la), chiếm 7% ngân sách quốc gia (82.182,9 tỉ yên) và chiếm 11.8% ngân sách cho các mục đích công. Hệ thống chiếu sáng cũng chiếm một phần đáng kể trong công tác phát triển cơ sở vật chất (161.3 tỉ yên). Ngân sách dành cho MEXT chủ yếu được chi dùng cho đổi mới công tác giáo dục, trợ giúp kinh phí cho các trường tư, cho vay học bổng và mở rộng các khóa giảng dạy về khoa học-công nghệ, các môn học về thể thao và văn hóa-mỹ thuật cũng được chú ý phát triển. Ngoài ra còn có các kế hoạch tăng lương cho giáo viên tiểu học công.[86]

Hầu hết học sinh theo học tại trường công ở cấp trung học cơ sở, nhưng giáo dục dân lập lại phổ biến tại cấp trung học phổ thông và đại học. Giáo dục trước tiểu học được cung cấp tại các trường mẫu giáo và trung tâm chăm sóc ban ngày. Các trung tâm chăm sóc ban ngày công và tư thục đón nhận trẻ từ dưới 1 tuổi đến 5 tuổi. Các chương trình dành cho trẻ từ 3-5 tuổi giống với trẻ ở trường mẫu giáo. Cách tiếp cận giáo dục tại trường mầm non thay đổi rất nhiều từ những môi trường phi cấu trúc tập trung vào việc vui chơi cho đến những môi trường cấu trúc cao tập trung vào việc đưa trẻ vượt qua kì thi tuyển vào trường tiểu học tư thục. Năm học bắt đầu từ tháng 4 và kết thúc vào tháng 3, có kì nghỉ hè vào tháng 8 và kỳ nghỉ đông vào cuối tháng 12 đến đầu tháng 1 năm sau. Bên cạnh đó cũng có vài ngày nghỉ lễ giữa năm học.

Sinh viên Nhật Bản luôn xếp hạng cao trong số các sinh viên giữa các sinh viên OECD về chất lượng và hiệu quả trong các việc đọc sách văn, toán và Khoa học. Học sinh trung bình đạt 540 điểm trong phần thi đọc hiểu văn, toán và khoa học trong Chương trình đánh giá Sinh viên Quốc tế (PISA) của OECD và Nhật Bản có một trong những lực lượng lao động được đào tạo tốt nhất trong khối nước OECD. Những người trưởng thành tốt nghiệp đại học, đặc biệt về ngành khoa học và kĩ thuật được hưởng lợi kinh tế và xã hội từ việc giáo dục và kĩ năng của họ trong nền kinh tế công nghệ cao của Nhật Bản.[87] Mặc dù chi tiêu của mỗi sinh viên khá cao tại Nhật Bản, tổng chi tiêu so với GDP vẫn còn nhỏ. Năm 2015, chi tiêu công của Nhật Bản cho giáo dục chỉ chiếm 3,5% GDP, thấp hơn mức trung bình của OECD là 4,7%.[88]

Tuy vậy, nền giáo dục Nhật cũng gặp phải một số chỉ trích từ phương Tây. Học sinh Nhật Bản phải đối mặt với áp lực to lớn phải thành công trong học tập từ cha mẹ, giáo viên, đồng nghiệp và xã hội. Điều này phần lớn là kết quả của một xã hội từ lâu đã đề cao tầm quan trọng to lớn của giáo dục và một hệ thống giáo dục đặt toàn bộ trọng tâm của nó vào một bài kiểm tra có ảnh hưởng tới toàn bộ cuộc đời của mỗi con người. Áp lực này đã dẫn đến các hành vi như bạo lực học đường, gian lận, tự tử và tổn hại tâm lý đáng kể [89].